下記リンク先ではubuntuだったが、CentOSでも再現したのでメモ。
Momma's Wiki: Ubuntu/日本語キーボード - システム設定で弄るとカナ入力になる問題

何かの拍子で、GNOMEのキーボード設定が「英語キーボード」になってしまう（例：「+」を入力しようとして「:」になってしまう）場合があるが、GNOMEの画面から設定を修正してはいけない。/etc/X11/xorg.confをエディタで修正した後に再起動すると、ログイン時に「XとGNOMEの設定が矛盾しているがどちらを使うか？」と聞いてくるので「Xの設定を使う」を選択すると、上記修正内容が反映される。