SP1 インストーラが指すシステムパーティションって、結局、ルートディレクトリに Boot という名前のディレクトリを持って、その中に BCD が入っている、かつ active なパーティションのようですね。私の環境では C:\ に Boot と BCD 関連のファイルを置いていて (すなわちいわゆる隠しシステムパーティション/システム予約パーティションを切っていない)、普段 WIndows 7 でないパーティションを active パーティションとしていたので、結構ハマりました。で、結局、ただ単に active パーティションを Windows 7 用の C: に変更するだけで OK でした。
結構重要かもしれないので英語でも書きます。

The "system partition" the Microsoft mentioned seems A) Having a directory named "Boot" on the top of the filesystem, B) the "Boot" directory contains BCD related thingies, C) AND, it must be an active partition. In my case, I haven't created a hidden system partition/system reserved partition, instead I created the Boot directory on my C:\. But the C:\ drive is not an active partition (Most of the time I boot other OSes like Linux). So my system partition (in common sense, a partition/filesystem contains files needed for booting an OS) is mounted automatically, but it is not the "System partition" according to Microsoft. What I did for installing the SP1 is just set my C:\ partition to active one. If you have no hidden system partition/system reserved partition and your C:\ has a Boot directory on top and the C:\ is not your boot partition, just set your C: to your boot partition. Hope this helps someone :)