こちらのページに、日本の地名のラテン語形が書かれています。それなりにラテン語っぽいのですが、ごく一部しか書かれていません。
そこで、私も考えてみました。

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まずは私が学校に行くときにいつも通っている北摂地域の東側（ＪＲ京都線沿線）の地名から。

高槻……Tacatsucia, -iae
茨木……Ibaracia, -iae
吹田……Suita, -ae (そのまま)
千里丘……Senrioca, -ae

ア段で終わっているのはそのまま、イ段で終わっているのは最後に -a を付けて第１変化させればいいので簡単ですね。

北摂西側、阪急宝塚線沿線の地名とか。
豊中……Tojonaca, -ae
箕面……Minovō, Minovōnis （ちょっと苦しいけど第３変化）
池田……Icheda, -ae

大阪市の地名。
梅田、難波はUmeda, -ae; Namba, -ae でＯＫ。
日本橋は Nippombasium, -ī かな？　同様に阿部野橋……Abenobasium, -ī
# 大阪は橋が多いからねぇ……「〜橋」は「-basium」でいいかも。
天王寺……Tennōsia, -iae
住之江……Suminojea, -eae（Hiatusの問題が……）

阪神地区の地名。
尼崎……Amagasacia, -iae
西宮……Nisinomia, -ae
芦屋……Aseia, -iae
三宮……Sannomia, -iae
神戸……Cōbea, -eae
う〜ん……月並みか……；

今度は京都の地名で
嵐山……Arasijama, -ae
鞍馬……Curama, -aeまたは-atis（鞍馬寺……Templum Curamatis）
大原……Ōhara, -ae（何のひねりもない……）
山科……Iamasina, -ae

う〜ん、とりあえず基本はローマ字書きの語尾が
-a → -a, -ae
-i → -ia, -iae
-u → -ium, -iī （例：小松→Comatium）
-e → -ea, -eae
-o → -ium, -iī
-ō → -ō, -ōnis
-an → -an, ānis
-in → -in, inis
-un → -on, ōnis
-en → -en, inis
-on → -on, ōnis

……とりあえずこんなもんかなぁ……考えるの疲れた（ぁ